農(nóng)業(yè)微生物菌劑重點用于生物農(nóng)藥和生物肥料，是發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)和生產(chǎn)綠色食品的主要生產(chǎn)資料。施用微生物菌劑盡管不及施用化學(xué)藥、肥的效果直觀、方法簡便，但是微生物菌劑多為循環(huán)利用再生資源，生產(chǎn)成本低，改善和保護(hù)土壤生態(tài)環(huán)境，有利于農(nóng)業(yè)持續(xù)發(fā)展，因而微生物菌劑日益受到社會各界有識之士的高度重視和認(rèn)可，由其制成的微生物有機肥料也成為化肥的良好替代品。

近年來，隨著畜禽養(yǎng)殖集約化與規(guī)?；目焖侔l(fā)展，養(yǎng)殖場對周圍環(huán)境的污染也越來越嚴(yán)重。由于目前我國規(guī)?；笄輬鐾ㄟ^坑漚、堆制等傳統(tǒng)方法處理畜禽糞便積造農(nóng)家肥已很難適應(yīng)牧業(yè)發(fā)展需要，糞肥的處理已經(jīng)成為牧業(yè)發(fā)展亟待解決的問題。通過新型有機肥生產(chǎn)線采用新工藝生產(chǎn)微生物菌劑肥處理畜禽糞便已經(jīng)成為新的研究方向，即通過微生物的作用，控制病原微生物的繁殖，使土壤微生物環(huán)境向有利于農(nóng)作物高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)方向轉(zhuǎn)化，提高土壤抗逆性。用生物菌處理畜禽糞便過程中，可以把糞便中有毒、有害物質(zhì)去除，這樣既能提高糞便肥料利用率，又能減輕糞便對環(huán)境的污染。

利用生物發(fā)酵菌劑處理畜禽的糞便，一般采取好氧方式進(jìn)行，通過控制水分含量和曝氣次數(shù)、翻堆的方式來控制其發(fā)酵過程，使有機物在初期大量分解并發(fā)出高熱以殺死病害菌、昆蟲卵及雜草種子，然后再以適宜溫度緩慢分解為半熟肥，同時利用其能量來培養(yǎng)大量有益微生物群，抑制有害菌的繁殖，使有機物成分通過有益微生物的吸收、利用轉(zhuǎn)化成為植物可以吸收的有效成分。

配合施用生物發(fā)酵菌劑的好氧式堆肥發(fā)酵周期短、無害化程度高、衛(wèi)生條件好、易于機械化操作；無二次污染，抑制有害菌的生成，堆肥過程無臭味，無蚊蠅產(chǎn)生；施入土壤后，不會產(chǎn)生土壤板結(jié)、地力下降等使用化肥帶來的后遺癥；可起到改良土壤、增加團粒結(jié)構(gòu)、提高土壤肥力等方面的作用，是改良鹽堿退化草場必不可少的原料，是促進(jìn)土壤持續(xù)合理利用的最佳肥源。

例如玉米專用肥是在常規(guī)施用肥料的基礎(chǔ)上添加微生物菌劑，這樣就能有效促進(jìn)玉米生長發(fā)育，表現(xiàn)為莖桿健壯高大、根系發(fā)達(dá)、果穗粗壯，具有較好的增產(chǎn)作用，對肥料來說也提高了肥料利用率。

有試驗表明，不同菌劑用量對玉米的增產(chǎn)效果及肥料利用率的影響不同，而這其中施用有機無機復(fù)合肥并配施4%微生物菌劑處理的綜合效果最佳，充分體現(xiàn)了生物肥料的增產(chǎn)、增收、節(jié)能以及降低農(nóng)業(yè)環(huán)境污染特點，對今后篩選和推廣使用生物肥料以及優(yōu)化農(nóng)作物施肥配方具有很好的指導(dǎo)意義。